Em uma noite de tempestade escura, Mario encontra a Princesa Peach e Toad numa porta. Surpreso, ele deixa-os e recebe uma carta misteriosa. Na carta é um Toad drenado de suas cores. O selo sobre a carta aponta para Prism Island e Mario e seus amigos rapidamente foram em um barco, mesmo viajando através de uma tempestade. Ao chegar, a praça da cidade está deserta e grande parte da cor foi drenada. Toad então foi embora, enquanto Mario e Peach logo conheceram Huey, um misterioso balde de tinta falante em 3D. Um grito é ouvido e Mario, Huey e Princesa Peach rapidamente seguiram o som apenas para encontrar um Slurp Guy drenando a cor do Toad. Após Toad for devolvido à cor e Huey é espremido por Mario em um objeto 2D, eles foram encontrar o culpado.