A caçadora de recompensas intergaláctica Samus Aran recebe um sinal de socorro de uma nave abandonada em órbita ao redor do planeta Tallon IV. Após uma investigação, descobriu-se que a fragata é na verdade, uma nave de pesquisa do Space Pirate que abriga terríveis experimentos genéticos usando a misteriosa substância Phazon. Lá, Samus encontra seu inimigo, Meta Ridley, a quem ela persegue até a superfície de Tallon IV. Cabe a ela explorar as regiões interconectadas do planeta, investigar seus segredos sombrios e acabar com a ameaça intergaláctica que Phazon representa.