A história segue Samus Aran depois que lhe é ordenada salvar os Galactic Federation Marines de uma nave perto de Aether, um planeta habitado por uma raça conhecida como Luminoth. Lá, ela descobre que as tropas foram chacinados pelos Ing, uma raça inimiga que veio de uma dimensão paralela de Aether. É o primeiro jogo na série com modo multiplayer.