A história é centrada no agente da FOX ao tentar resgatar um cientista especializado em foguetes chamado Nikolai Stepanovich Sokolov, para sabotar uma super arma experimental e assassinar seu antigo chefe desertor. Enquanto os jogos anteriores se passaram em um ambiente predominantemente urbano, Snake Eater adota um cenário soviético na década de 1960.

A jogabilidade é semelhante à dos jogos anteriores da série Metal Gear Solid. Snake, controlado pelo jogador, deve se mover sem ser detectado através de um ambiente hostil e cheio de inimigos. Embora Snake adquira várias armas desde pistolas até granadas e foguetes, a ênfase está no uso de furtividade para evitar confrontos.