Ao contrário do primeiro jogo da série, esse foi um jogo baseado em missão, e o segundo, onde seu personagem tinha habilidades únicas, como observar todo o nível e crescer até altura ilimitada, James Pond 3 é um jogo de plataforma de salto e corrida padrão . A lagoa pode correr muito rapidamente (mantendo pressionando o botão A) através de grandes níveis, que geralmente contêm lados íngremes das montanhas e outras áreas complicadas. Mais uma vez, ele tem que se opor ao cientista do mal, talvez e seus servos.