Young Yangus and the Mystery Dungeon utiliza masmorras geradas aleatoriamente e combates em turnos. Os jogadores devem lutar em diferentes andares de inimigos até chegarem a um monstro chefe, que devem derrotar para avançar na história. O combate ocorre no contato com os inimigos, sem tela de batalha separada ou sistema de menu. Um novo recurso da série é o "comando de tensão", que permite aos jogadores aumentar o poder de ataque para desferir golpes fortes nos inimigos, embora o personagem não possa se mover neste estado.