Corpse Party II: Darkness Distortion segue três amigos do ensino médio; Haruka Nanami, Nemu Takanashi e Maria Hitsugi, enquanto exploram o Hospital Amare Est Vivare, testando uma lenda urbana local enquanto a serpentina Nemu procura aumentar sua contagem de assinantes. Infelizmente para as três garotas, a lenda de "Ayame's Mercy" é verdadeira e elas desencadeiam uma maldição de décadas que as envia para um reino escuro. Juntos, eles devem evitar o espírito vingativo de Ayame Kirishima e outros horrores do passado sombrio do hospital, enquanto procuram uma maneira de dissipar a maldição de Ayame de uma vez por todas.