A história desenvolve-se no mundo de Fadiel, na ilha de Illusia, onde encontra-se a Árvore de Mana. Muitos anos atrás, um grande desastre na base da Árvore de Mana tirou a vida de vários moradores da região, deixando várias crianças órfãs, entre elas os protagonistas do jogo. Muito tempo se passou desde o desastre, agora as crianças que perderam seus pais naquele dia trágico partem em busca de respostas que expliquem os motivos do evento que tirou a vida de seus pais. A jogabilidade difere-se dos outros títulos da série, já que, Children of Mana é um dungeon crawler, onde você deverá explorar masmorras e derrotar inimigos, como em Diablo e Baldur's Gate: Dark Alliance.