Como em outros jogos LEGO a jogabilidade varia entre momentos de luta e momentos de resolução de quebra-cabeças em que jogador tem que usar habilidades especiais de cada um dos personagens. Neste jogo o jogador poderá controlar mais de 150 personagens do universo Marvel, cada um com suas habilidades especiais, com por exemplo, o Homem-Aranha se balançar em suas teias e usar o seu sentido-aranha, o Hulk que é um personagem maior que os outros pode carregar objetos mais largos além de se transformar em Bruce Banner para acessar computadores. Galactus foi escolhido como o principal antagonista do jogo.