A história inicialmente se passa no mundo de Sylvarant, em uma vila chamada Iselia. O mundo sofre de um grande colapso com o uso excessivo de mana pelo Desians (raça inimiga no jogo), que é a fonte de energia no mundo. Seguindo as palavras da deusa Martel no momento de sua morte, os anjos escolhem “O Escolhido”, Collete Brunel, uma moradora da vila, a escolhida para salvar o mundo da destruição. Então estará nas mãos da escolhida de seus companheiros completar "A Jornada de Regeneração do Mundo", pois, completando essa jornada, o mundo finalmente poderia ser salvo.