A Master Emerald fragmentou-se em cinco Esmeraldas do Caos. Robotnik percebe a chance de dominar o mundo e monta mais uma vez sua Death Egg. Sonic e Knuckles decidem que para interromper os planos de Robotnik tudo o que lhes restam é causar sérios prejuízos às perigosas invenções de Dr. Robotnik e coletar todas as esmeraldas a tempo.