O personagem principal, diferente do primeiro jogo, é Jubei Yagyu. O contexto de Onimusha 2 ocorre 13 anos após o primeiro jogo. Líder do clã Yagyu, Jubei Yagyu, saiu em mais uma de suas viagens solitárias de treinamento. Tempo depois Jubei recebeu a noticia de que todo o seu vilarejo tinha sido queimado e todas as pessoas mortas. Jubei jura vingança a quem queimou o vilarejo. Quando chegou na porta de sua casa, começou a ouvir uma voz chamando seu nome. Jubei seguiu a voz, aonde encontrou uma mulher chamada Takajo. Essa mulher lhe da uma marca na mão que é capaz de absorver as almas dos demônios. Para deter o homem que queimou o vilarejo, Nobunaga Oda, Jubei iria precisar coletar cinco esferas que protegem os humanos dos demônios.