Mega Man X7 é o primeiro jogo da franquia a apresentar visão em 3D. Cansado de tantos conflitos contra os Mavericks, X decidiu tomar uma decisão e se retirou do grupo. Essa aposentadoria deixou os Maverick Hunters bastante enfraquecidos. O sindicato Red Alert é um novo grupo de Reploids, similar à Repliforce, mas consistindo num grupo de vigilantes. Eles objetivam perseguir Mavericks, assim como os Maverick Hunters.