Um novo esquema para destruir os Maverick Hunters é planejado por Sigma, que foi ressuscitado de novo. Sigma, depois de conduzir pesquisas na origem e design de Zero, decide descobrir como destravar o verdadeiro poder de Zero, esperando destruir X no processo. Enquanto isso, um Reploid mercenário chamado Dynamo é contratado por Sigma para fazer a colônia espacial Eurasia colidir com a Terra. Os Hunters têm somente 16 horas para evitar o impacto.