Após derrotar o maléfico Dr. Wily inúmeras vezes, o herói robótico Mega Man é chamado para a ação mais uma vez quando um poderoso ser conhecido como King derrota Protoman e ameaça a humanidade. Sabendo da ameaça, o rival de Mega Man, Bass, decide cuidar de tudo com as próprias mãos. O jogo é do gênero ação-plataforma onde o jogador avança derrotando chefes e adquirindo suas armas características. Mega Man & Bass permite que o jogador escolha entre os personagens titulares, cada um com características próprias.