Os heróis de Blue Dragon têm o poder de controlar sombras-fantasma que repetem as ações dos seus mestres. Graças a elas, o protagonista Shu e seus companheiros adquirem incrível força e poderes mágicos. Shu e seus aliados devem utilizar as suas sombras como armas na batalha contra o malvado Nene e uma raça humana ancestral, com um poder mágico milenar que se pensava ter desaparecido há muito tempo. Shu e os amigos devem recorrer às suas técnicas para salvar o mundo da condenação iminente. Os personagens e suas sombras viajam por um mundo repleto de mistérios e ilusões, onde a mínima intervenção pode provocar reações de uma magnitude sem paralelo.