As reviravoltas na trama e as áreas cinzentas em que o jogo o joga irão realmente testar sua moral e ética. Reunir-se com sua antiga tripulação e testemunhar o desenvolvimento do personagem tanto com a antiga quanto com a nova tripulação é revolucionário para a época e estabeleceu um precedente para todos os RPGs que poucos conseguiram. As missões são muito envolventes e você sente a importância e a profundidade de cada missão; cada decisão que você toma parece extremamente importante, pois molda o resto de toda a série.As missões secundárias também tem grande importância no jogo